Дія гри «S.T.A.L.K.E.R.: Поклик Прип'яті» розгортається після подій оригінальної гри — тобто після того, як Стрілець знищив проєкт «Усвідомлення». Отримавши відомості про відкриття дороги до центру Зони, уряд вирішує розгорнути масштабну військову операцію під кодовою назвою «Фарватер» для отримання контролю над ЧАЕС. Відповідно до розробленого плану, перша група військових повинна вирушити для повітряної розвідки території і скласти детальні схеми розташування аномальних утворень. Потім зазначеними безпечними проходами повинні будуть висуватися основні сили військових. Попри ретельну підготовку, операція провалюється. Для збору інформації про причини провалу Служба безпеки України направляє свого агента до центру Зони. Подальші події залежать тільки від гравця.