Події гри S.T.A.L.K.E.R.: Call of Pripyat відбуваються незабаром після завершення S.T.A.L.K.E.R.: Тінь Чорнобиля. Виявивши відкритий шлях до центру Зони, уряд вирішує провести масштабну військову операцію "Шлях", мета якої - взяти під контроль Чорнобильську АЕС. Згідно з планом операції, перша військова група повинна здійснити повітряне розвідку території, щоб скласти детальні карти розташування аномальних полів. Після цього, використовуючи ці карти, на місце операції повинні бути відправлені основні військові сили. Незважаючи на ретельну підготовку, операція зазнає невдачі. Більшість авангардних вертольотів розбивається. Щоб зібрати інформацію про причини провалу операції, Служба безпеки України відправляє свого агента в центр Зони. Тепер все залежить від вас.